中國科學院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中國科學院在西北地區(qū)建立的第一個科研機構(gòu)。1987年由中國科學院和水利部雙重管理，1995年經(jīng)國家批準確定現(xiàn)所名。1998年被中國科學院列入國家知識創(chuàng)新工程首批試點單位。1999年根據(jù)國務(wù)院文件，與楊凌其它6個科教單位合并組建“西北農(nóng)林科技大學”。2001年中國科學院與教育部聯(lián)合共建“水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心”，作為知識創(chuàng)新工程試點單位繼續(xù)納入中國科學院研究機構(gòu)序列。
近期定位為：面向全國，以黃土高原為重點，以國家水土保持與生態(tài)安全為核心，重點致力于土壤侵蝕過程與模擬、水土保持與生態(tài)修復、旱地農(nóng)業(yè)與水土資源高效利用的研究，解決水土保持與生態(tài)建設(shè)中的重大科學技術(shù)問題。探索我國科教體制改革新型研究所發(fā)展的模式與機制,建成“產(chǎn)-學-研”有機結(jié)合的國際知名研究機構(gòu)。
設(shè)有黃土高原土壤侵蝕與旱地農(nóng)業(yè)國家重點實驗室、國家節(jié)水灌溉楊凌工程技術(shù)研究中心、水利部水土保持生態(tài)工程技術(shù)研究中心、區(qū)域水土保持與環(huán)境研究室、信息技術(shù)部等5個研究和技術(shù)支撐單元。在黃土高原不同類型區(qū)，建有國家安塞水土保持綜合試驗站、國家長武黃土高原農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗站、固原生態(tài)試驗站(林草生態(tài)研究室)、神木侵蝕與環(huán)境教育部野外科學觀測研究站和楊凌水土保持野外科學試驗站等野外站。建有人工模擬降雨大廳和人工模擬干旱大廳等重要科研平臺，形成了集基礎(chǔ)研究、應用研究、試驗與示范、技術(shù)轉(zhuǎn)移、決策服務(wù)于一體的水土保持科研體系。同時設(shè)有黨政辦公室、科技辦公室、人事和保障辦公室、研究生部等管理服務(wù)單元。
截至2019年9月底全所在職職工197人、客座研究員20人，其中：中國科學院院士1人、中國工程院院士1人、國際歐亞科學院院士1人;正高職稱67人、副高職稱54人;博士生導師57人。擁有土壤學、生態(tài)學和水土保持與荒漠化防治3個博士及碩士學位授予點，環(huán)境工程1個專業(yè)碩士學位授權(quán)點，設(shè)有農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、生態(tài)學兩個博士后科研流動站�，F(xiàn)有在學研究生482人。
水土保持研究所以“團結(jié)、敬業(yè)、求實、創(chuàng)新”為所風，凝練出以“樸實厚重，無私奉獻”為內(nèi)涵的“黃土精神”，形成了良好的創(chuàng)新文化氛圍，為創(chuàng)新跨越、持續(xù)發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ)。
水保所研究生教育始于二十世紀六十年代。時任水保所所長、中國科學院學部委員虞宏正研究員于1961年接收中國農(nóng)業(yè)科學院西北農(nóng)業(yè)科學研究所（后更名為陜西省農(nóng)業(yè)科學院）保送研究生1 名。因當時研究生培養(yǎng)工作尚不規(guī)范，該生為被授予學士。1965年，朱顯謨研究員招收一名土壤侵蝕研究生，錄取通知尚未發(fā)出，因“文化大革命”開始而中斷。1978年國家恢復研究生招生制度，1980年水保所恢復研究生招生，1981年招生5名，其中土壤侵蝕、土壤地理專業(yè)各2名，防護林專業(yè)1名。
1978年至1999年，水保所一直作為中國科學院的招生單位順利完成各年的研究生培養(yǎng)工作。1999年9月，經(jīng)國務(wù)院批準水保所與楊凌地區(qū)其他7個單位共建西北農(nóng)林科技大學后，水保所2000屆至2003屆研究生由西北農(nóng)林科技大學授予碩士或博士學位。2001年，水保所與中國科學院南京土壤研究所聯(lián)合招收了一屆研究生，研究生的導師及培養(yǎng)工作在水保所，但學位授予單位為南京土壤研究所。2001年，“中國科學院教育部水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心”成立，嗣后，便使用“中心”名稱進行研究生招生和學位授予工作。2002年，中國科學院研究生教育實行“統(tǒng)一招生、統(tǒng)一教育管理、統(tǒng)一學位授予”，水保所研究生教育與學位工作被納入中國科學院研究生院和陜西省學位委員會的管理序列。2012年，中國科學院研究生院更名為中國科學院大學，水保所研究生教育與學位工作被納入中國科學院大學的管理序列。
伴隨著水保所的發(fā)展，研究生教育經(jīng)過近40年的發(fā)展歷程。目前，水保所已建立了一支以創(chuàng)新能力強的中青年導師為骨干，老、中、青三結(jié)合的導師團隊。研究生指導教師由最初的2人增加到2019年的102人（碩士研究生導師45名，博士生導師57名）。研究生年招生規(guī)模由1981的5人增加到2019年的51人。截止2019年，在讀研究生198名。
經(jīng)國務(wù)院學位委員會批準，1981年4月水保所正式成為碩士學位授予單位，獲準土壤學碩士授予權(quán)。1986年獲準生態(tài)學碩士授予權(quán)，1990年獲得水土保持學碩士學位授予權(quán)。1998年國務(wù)院學位委員會將“水土保持學”名稱調(diào)整為“水土保持與荒漠化防治”。1986年獲得土壤學博士學位授予權(quán)，1998年與陜西師范大學合作申請并獲得批準自然地理學博士學位授權(quán)點，水保所每年在此點招收不超過兩名博士研究生。2003年獲生態(tài)學博士學位授權(quán)點。1999年經(jīng)人事部、全國博士后管委會批準，同意水保所設(shè)立“農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境”一級學科博士后科研流動站。2019年經(jīng)人力資源社會保障部、全國博士后管理委員會批準設(shè)立“生態(tài)學”一級學科博士后科研流動站。
為做好研究生教育管理工作，成立了研究生部，作為4個管理部門之一。同時，成立有學位評定委員會，負責審定學位申請材料、審議研究生管理有關(guān)制度及評審研究生的有關(guān)獎項等。在研究生部的指導下，由研究生干部組織成立研究生會，協(xié)助組織學術(shù)交流和文體活動等。自2007年開始，在研究生會組織下，每周舉辦一次“水土保持論壇”，加強研究生的學術(shù)交流。