中國(guó)科學(xué)院南海海洋研究所成立于1959年1月，是國(guó)立綜合性海洋研究機(jī)構(gòu)�，F(xiàn)有正高級(jí)人員111人，研究生導(dǎo)師212人。擁有中國(guó)工程院院士4人，973計(jì)劃或國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)任務(wù)項(xiàng)目首席科學(xué)家11人，國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者12人，中科院特聘研究員16人，國(guó)家基金重大項(xiàng)目1個(gè)、創(chuàng)新群體1個(gè)，中科院A類先導(dǎo)專項(xiàng)1個(gè)、王寬誠(chéng)率先人才計(jì)劃“盧嘉錫國(guó)際團(tuán)隊(duì)”3個(gè)、科技創(chuàng)新“交叉與合作團(tuán)隊(duì)”1個(gè)。擁有海洋科學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授予點(diǎn)和博士后科研流動(dòng)站。
研究所以海-陸-氣相互作用與環(huán)境安全、生態(tài)安全與綠色發(fā)展、邊緣海與大洋板塊相互作用和海洋環(huán)境保障為戰(zhàn)略主題，著力突破海洋領(lǐng)域前沿科學(xué)問(wèn)題和關(guān)鍵核心技術(shù)，建成國(guó)際水平的熱帶海洋科學(xué)研究、人才培養(yǎng)、成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化三個(gè)高地，為保障我國(guó)海洋權(quán)益做出貢獻(xiàn)。主要研究熱帶海洋環(huán)境動(dòng)力與生態(tài)過(guò)程、邊緣海-大洋地質(zhì)與環(huán)境演化過(guò)程及其資源效應(yīng)、熱帶海洋生物資源可持續(xù)利用與生態(tài)安全及生態(tài)保護(hù)和海洋環(huán)境觀測(cè)體系及其關(guān)鍵技術(shù)。
擁有熱帶海洋環(huán)境國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中科院邊緣海與大洋地質(zhì)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中科院熱帶海洋生物資源與生態(tài)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中科院應(yīng)用海洋學(xué)實(shí)驗(yàn)室、中科院海洋微生物研究中心、中科院島礁綜合研究中心、中國(guó)科學(xué)院中國(guó)-斯里蘭卡聯(lián)合科教中心，廣東省海洋藥物重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、廣東省應(yīng)用海洋生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、廣東省海洋遙感重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、海南省熱帶海洋生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，以及海洋環(huán)境工程中心等。 擁有廣東大亞灣海洋生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、海南三亞海洋生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站，西沙海洋環(huán)境觀測(cè)研究站（2020年12月入選國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站擇優(yōu)建設(shè)名單）、湛江海洋經(jīng)濟(jì)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)站、汕頭海洋植物實(shí)驗(yàn)站和南沙海洋生態(tài)環(huán)境實(shí)驗(yàn)站。有“實(shí)驗(yàn)1”“實(shí)驗(yàn)2”“實(shí)驗(yàn)3”和“實(shí)驗(yàn)6”4艘大型海洋科學(xué)考察船和一個(gè)淡水碼頭。目前，南海海洋所牽頭，聯(lián)合能源所等27家單位建設(shè)的中科院南海生態(tài)環(huán)境工程創(chuàng)新研究院以優(yōu)異成績(jī)通過(guò)驗(yàn)收；聯(lián)合自然資源部廣州海洋地質(zhì)調(diào)查局等50家單位建設(shè)南方海洋科學(xué)與工程廣東省實(shí)驗(yàn)室（廣州）。
近60年來(lái)，南海海洋所共取得科研成果近800項(xiàng)，獲國(guó)家、中科院、部委和省市級(jí)成果獎(jiǎng)260項(xiàng)，相關(guān)科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)榮獲中共中央授予的“模范集體”稱號(hào)（2018年）；代表性成果有“熱帶海洋微生物新型生物酶高效轉(zhuǎn)化軟體動(dòng)物功能肽的關(guān)鍵技術(shù)”、“熱帶海洋生物活性物質(zhì)的利用技術(shù)”、“南海與鄰近熱帶區(qū)域的海洋聯(lián)系及動(dòng)力機(jī)制”和“南沙群島及其鄰近海區(qū)資源環(huán)境和權(quán)益綜合調(diào)查研究”等。目前主持、承擔(dān)中國(guó)科學(xué)院先導(dǎo)專項(xiàng)A、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家科技基礎(chǔ)資源調(diào)查專項(xiàng)、國(guó)家基金項(xiàng)目等300余項(xiàng)。與40多個(gè)國(guó)家和地區(qū)建立了學(xué)術(shù)聯(lián)系與合作，重點(diǎn)發(fā)展與歐、美、日、澳等海洋科學(xué)發(fā)達(dá)國(guó)家的合作與交流，同時(shí)加強(qiáng)與“一帶一路”、絲綢之路沿線國(guó)家的交流與合作，并在斯里蘭卡與斯方共建中國(guó)科學(xué)院中國(guó)斯里蘭卡聯(lián)合科教中心。
南海海洋所是中科院及全國(guó)海洋科研機(jī)構(gòu)首家獲得ISO9001質(zhì)量體系認(rèn)證的科研單位，擁有“工程勘察證書(shū)（海洋工程勘察綜合類甲級(jí)）”、“測(cè)繪資質(zhì)證書(shū)（乙級(jí)）”、“檢驗(yàn)檢測(cè)機(jī)構(gòu)資質(zhì)認(rèn)定證書(shū)（包括檢驗(yàn)檢測(cè)機(jī)構(gòu)計(jì)量認(rèn)證）”等。每年承擔(dān)技術(shù)服務(wù)、技術(shù)咨詢或院地合作項(xiàng)目100余項(xiàng)。是中國(guó)海洋學(xué)會(huì)海洋物理分會(huì)、廣東海洋湖沼學(xué)會(huì)、廣東海洋學(xué)會(huì)等的依托單位。編輯出版《熱帶海洋學(xué)報(bào)》（核心期刊）。被中央文明委授予第六屆“全國(guó)文明單位”榮譽(yù)稱號(hào)，曾獲廣東省“文明單位”和廣州市“文明單位”。