中國(guó)科學(xué)院沈陽(yáng)應(yīng)用生態(tài)研究所（簡(jiǎn)稱沈陽(yáng)生態(tài)所）成立于1954年，其前身為中國(guó)科學(xué)院林業(yè)土壤研究所，1987年更為現(xiàn)名，2001年成為國(guó)家知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)單位，2015年成為中國(guó)科學(xué)院“生態(tài)文明建設(shè)”領(lǐng)域首批特色研究所試點(diǎn)單位。
1987年，根據(jù)中國(guó)科學(xué)院強(qiáng)化生態(tài)資源環(huán)境研究的戰(zhàn)略部署及學(xué)科需要，研究所更名為“中國(guó)科學(xué)院沈陽(yáng)應(yīng)用生態(tài)研究所”。學(xué)科定位為以陸地生態(tài)系統(tǒng)為研究對(duì)象，以現(xiàn)代生態(tài)學(xué)為主攻學(xué)科，主要開(kāi)展宏觀生態(tài)學(xué)、系統(tǒng)生態(tài)學(xué)、實(shí)驗(yàn)生態(tài)學(xué)，生物工程與生物技術(shù)等領(lǐng)域的研究。
1998年，沈陽(yáng)生態(tài)所根據(jù)國(guó)際應(yīng)用生態(tài)學(xué)的發(fā)展趨勢(shì)、國(guó)家生態(tài)環(huán)境建設(shè)實(shí)踐的需求、中國(guó)科學(xué)院的學(xué)科布局和我所的學(xué)科優(yōu)勢(shì)與積累，將我所的學(xué)科定位為“以應(yīng)用生態(tài)學(xué)為主攻學(xué)科，以實(shí)驗(yàn)生態(tài)學(xué)方法為主要手段，重點(diǎn)開(kāi)展森林生態(tài)學(xué)、污染生態(tài)學(xué)和農(nóng)業(yè)生態(tài)學(xué)中的物質(zhì)循環(huán)生態(tài)過(guò)程、區(qū)域農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展研究”。
2001年，沈陽(yáng)生態(tài)所正式進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)，確立了森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程三大領(lǐng)域的學(xué)科布局。2010年，沈陽(yáng)生態(tài)所根據(jù)中國(guó)科學(xué)院“創(chuàng)新2020”總體部署，制定了研究所“一三五”規(guī)劃。
2015年，按照中國(guó)科學(xué)院“率先行動(dòng)”計(jì)劃的要求和研究所分類(lèi)改革的統(tǒng)一部署，沈陽(yáng)生態(tài)所成功進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院“特色研究所”建設(shè)首批試點(diǎn)研究所，進(jìn)入新的歷史發(fā)展時(shí)期。2018年，順利通過(guò)特色研究所建設(shè)驗(yàn)收。
建所以來(lái)，圍繞國(guó)家農(nóng)業(yè)、林業(yè)可持續(xù)發(fā)展、生態(tài)與環(huán)境建設(shè)中急需解決的重大問(wèn)題和應(yīng)用生態(tài)學(xué)的發(fā)展需要，沈陽(yáng)生態(tài)所在森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程領(lǐng)域開(kāi)展基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性和前瞻性研究，豐富和發(fā)展森林生態(tài)學(xué)、農(nóng)田生態(tài)學(xué)和污染生態(tài)學(xué)的基礎(chǔ)理論，為我國(guó)主要退化生態(tài)系統(tǒng)恢復(fù)與重建，改善生態(tài)與環(huán)境，保障食物安全提供科學(xué)依據(jù)與關(guān)鍵技術(shù)。共獲得省部級(jí)以上獎(jiǎng)勵(lì)230余項(xiàng)，其中國(guó)家獎(jiǎng)33項(xiàng)，省部級(jí)獎(jiǎng)202項(xiàng)；出版專(zhuān)著288部；發(fā)表論文7700余篇，其中SCI論文2326篇；授權(quán)專(zhuān)利500項(xiàng)。
沈陽(yáng)生態(tài)所設(shè)有森林生態(tài)與林業(yè)生態(tài)工程研究中心、土壤生態(tài)與農(nóng)業(yè)生態(tài)工程研究中心、污染生態(tài)與環(huán)境生態(tài)工程研究中心等三個(gè)研究中心；是土壤養(yǎng)分管理國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室（共建）、污染土壤生物-物化協(xié)同修復(fù)技術(shù)國(guó)地聯(lián)合工程實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院污染生態(tài)與環(huán)境工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院森林生態(tài)與管理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院綠色肥料工程實(shí)驗(yàn)室、遼寧省陸地生態(tài)過(guò)程與區(qū)域生態(tài)安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省生態(tài)公益林重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省植物資源與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省土壤環(huán)境質(zhì)量與農(nóng)產(chǎn)品安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省肥料工程技術(shù)中心等科技平臺(tái)的依托單位；在不同地帶、不同類(lèi)型地區(qū)設(shè)有8個(gè)野外站，其中吉林長(zhǎng)白山森林生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、遼寧沈陽(yáng)農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、湖南會(huì)同森林生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、清原森林生態(tài)系統(tǒng)觀測(cè)研究站為國(guó)家級(jí)野外臺(tái)站、中國(guó)生態(tài)系統(tǒng)研究網(wǎng)絡(luò)(CERN)站，烏蘭敖都荒漠化試驗(yàn)站為國(guó)家林業(yè)局荒漠化防治監(jiān)測(cè)站，大青溝沙地生態(tài)研究站、沈陽(yáng)樹(shù)木園（沈陽(yáng)城市站）和額爾古納森林草原過(guò)渡帶生態(tài)系統(tǒng)研究站為所級(jí)站；此外，沈陽(yáng)生態(tài)所還與國(guó)家林業(yè)局共建了長(zhǎng)白山西坡站和額爾古納濕地站。沈陽(yáng)生態(tài)所擁有東北地區(qū)最大的生物標(biāo)本館，館藏標(biāo)本61萬(wàn)份，其中包括維管束植物標(biāo)本29萬(wàn)份，苔蘚標(biāo)本13萬(wàn)份，地衣標(biāo)本3萬(wàn)份，高等真菌標(biāo)本4萬(wàn)份，昆蟲(chóng)標(biāo)本7.2萬(wàn)份，病害標(biāo)本1萬(wàn)份，木材標(biāo)本1千份，微生物標(biāo)本2萬(wàn)份及土壤標(biāo)本2萬(wàn)份。為進(jìn)一步提升整體研究水平和國(guó)內(nèi)外影響力，沈陽(yáng)生態(tài)所在沈陽(yáng)市沈北新區(qū)建設(shè)了占地346畝的新園區(qū)，實(shí)驗(yàn)大樓、植物引種馴化中心、研究生公寓等建筑和設(shè)施已建成并投入使用。
截至2019年底，沈陽(yáng)生態(tài)所共有在職職工434人。其中專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員389人，包括正高級(jí)專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員85人、副高級(jí)專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員99人。共有國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者2人，國(guó)家優(yōu)秀青年基金獲得者9人。
沈陽(yáng)生態(tài)所是1981年國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)首次批準(zhǔn)的博士學(xué)位點(diǎn)，現(xiàn)設(shè)有生態(tài)學(xué)、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境2個(gè)一級(jí)學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，微生物學(xué)、環(huán)境科學(xué)2個(gè)二級(jí)學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，生態(tài)學(xué)、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境2個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，微生物學(xué)、植物學(xué)、森林培育、環(huán)境科學(xué)等4個(gè)專(zhuān)業(yè)二級(jí)學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點(diǎn)；并設(shè)有生態(tài)學(xué)、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境2個(gè)一級(jí)學(xué)科博士后流動(dòng)站。共有在學(xué)研究生357人（其中博士生190人，碩士生167人），在站博士后31人。
沈陽(yáng)生態(tài)所與美國(guó)、英國(guó)、德國(guó)、比利時(shí)、俄羅斯、瑞士、日本等國(guó)家的眾多高水平大學(xué)和科研機(jī)構(gòu)開(kāi)展卓有成效的合作研究與學(xué)術(shù)交流，與國(guó)內(nèi)知名高校和相關(guān)企業(yè)建立了合作關(guān)系。
沈陽(yáng)生態(tài)所是遼寧省生態(tài)學(xué)會(huì)、遼寧省植物學(xué)會(huì)、遼寧省土壤學(xué)會(huì)、沈陽(yáng)市植物學(xué)會(huì)的掛靠單位；主辦中文期刊《應(yīng)用生態(tài)學(xué)報(bào)》《生態(tài)學(xué)雜志》，及SCIE期刊Ecological Processes等學(xué)術(shù)刊物。
中國(guó)科學(xué)院沈陽(yáng)應(yīng)用生態(tài)研究所(前身中國(guó)科學(xué)院林業(yè)土壤研究所)成立于1954年，是以林業(yè)、土壤、植物、微生物與環(huán)境科學(xué)為基礎(chǔ)的綜合性應(yīng)用生態(tài)學(xué)研究機(jī)構(gòu)�，F(xiàn)有國(guó)家杰出青年基金獲得者2人，國(guó)家優(yōu)秀青年基金獲得者9人。
研究所下設(shè)土壤養(yǎng)分管理國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室（共建）、污染土壤生物-物化協(xié)同修復(fù)技術(shù)國(guó)家地方聯(lián)合工程實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院森林生態(tài)與管理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院污染生態(tài)與環(huán)境工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院綠色肥料工程實(shí)驗(yàn)室、遼寧省穩(wěn)定同位素技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省環(huán)境計(jì)算與可持續(xù)發(fā)展重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省現(xiàn)代保護(hù)性耕作與生態(tài)農(nóng)業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室；擁有中國(guó)科學(xué)院長(zhǎng)白山森林生態(tài)系統(tǒng)定位研究站（國(guó)家野外觀測(cè)站、CERN重點(diǎn)站），中國(guó)科學(xué)院沈陽(yáng)生態(tài)實(shí)驗(yàn)站（國(guó)家野外觀測(cè)站、CERN重點(diǎn)站），中國(guó)科學(xué)院會(huì)同森林生態(tài)實(shí)驗(yàn)站（國(guó)家野外觀測(cè)站、CERN重點(diǎn)站），中國(guó)科學(xué)院清原森林生態(tài)實(shí)驗(yàn)站（國(guó)家野外觀測(cè)站、CERN重點(diǎn)站），烏蘭敖都荒漠化實(shí)驗(yàn)站（國(guó)家林業(yè)局荒漠化監(jiān)測(cè)中心之一），大青溝生態(tài)研究站，額爾古納森林草原過(guò)渡帶生態(tài)系統(tǒng)研究站，沈陽(yáng)樹(shù)木園和東北生物標(biāo)本館。研究所編輯出版《應(yīng)用生態(tài)學(xué)報(bào)》和《生態(tài)學(xué)雜志》兩個(gè)國(guó)家級(jí)核心期刊及《Ecological Processes》國(guó)際期刊（SCI收錄）。
研究所為1981年國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)首批批準(zhǔn)的博士學(xué)位點(diǎn)�，F(xiàn)有生態(tài)學(xué)、土壤學(xué)、微生物學(xué)、環(huán)境科學(xué)等4個(gè)博士學(xué)位點(diǎn)；生態(tài)學(xué)、土壤學(xué)、微生物學(xué)、環(huán)境科學(xué)、植物學(xué)、森林培育學(xué)等6個(gè)學(xué)術(shù)型碩士學(xué)位點(diǎn)及資源與環(huán)境、生物與醫(yī)藥兩個(gè)專(zhuān)業(yè)型碩士學(xué)位點(diǎn)。另設(shè)有生態(tài)學(xué)和農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境兩個(gè)一級(jí)學(xué)科博士后流動(dòng)站。