中國科學院南京土壤研究所（簡稱南京土壤研究所）成立于1953年，其前身為1930年創(chuàng)立的中央地質調查所土壤研究室。自成立以來，南京土壤研究所一直肩負著為中國農業(yè)發(fā)展和生態(tài)環(huán)境建設服務的重任，凝聚和培養(yǎng)了一大批優(yōu)秀人才，開展了一系列卓有成效的研究工作，逐步發(fā)展成為在土壤科學領域研究實力雄厚、分支學科齊全并在國際上享有較高聲譽的國家級研究中心和高級人才培養(yǎng)基地，為我國乃至世界土壤科學的發(fā)展做出了重要貢獻。
近年來，南京土壤研究所緊密圍繞中國科學院“三個面向”“四個率先”新時期辦院方針，聚焦實施鄉(xiāng)村振興和建設美麗中國等重大戰(zhàn)略部署，以土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環(huán)境與修復、植物營養(yǎng)與肥料、土壤生物與生態(tài)等為核心研究領域，全面實施“一三五”規(guī)劃，促進產(chǎn)出重大原創(chuàng)成果，率先開展“四類機構”改革，以優(yōu)秀的成績圓滿完成了特色所試點建設的總體目標，為實現(xiàn)創(chuàng)新跨越發(fā)展、建設國際化一流科研機構奠定了堅實基礎。
南京土壤研究所現(xiàn)有土壤與農業(yè)可持續(xù)發(fā)展國家重點實驗室、土壤養(yǎng)分管理與污染修復國家工程研究中心、中國科學院土壤環(huán)境與污染修復重點實驗室、農業(yè)農村部耕地保育綜合性重點實驗室等重要研究平臺；設有土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環(huán)境與修復、植物營養(yǎng)與肥料、土壤生物與生態(tài)等5個研究部以及土壤資源與遙感應用、土壤－植物營養(yǎng)與肥料、土壤化學與環(huán)境保護、土壤物理與鹽漬土、土壤生物與生化、土壤與環(huán)境生物修復、土壤利用與環(huán)境變化等研究單元；還擁有土壤科學數(shù)據(jù)中心（中國生態(tài)系統(tǒng)研究網(wǎng)絡土壤分中心）、河南封丘農田生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、江西鷹潭農田生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、江蘇常熟農田生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學觀測研究站、中國科學院三峽工程生態(tài)環(huán)境湖北秭歸實驗站。此外，擁有聯(lián)合國糧農組織的特約圖書館和亞洲最大的土壤標本館；土壤與環(huán)境分析測試中心是國家質量技術監(jiān)督局認定的國家計量認證合格單位。
開展知識創(chuàng)新工程以來，南京土壤研究所推動并參與實施了國家在土壤學及其相關領域的所有重大科技計劃。截至目前，先后主持了國家“973”項目6項，國家重點研發(fā)計劃項目8項，“863”重大項目1項，“863”重點項目12項，科技基礎性工作專項2項，重大科技專項課題4項，科技支撐計劃項目2項，公益性行業(yè)科技重大專項4項，國家自然科學基金重大項目2項、重大研究計劃課題6項，基金重點項目19項，基金國際合作重大項目11項等一大批國家重大科技任務，充分體現(xiàn)了我所在土壤學及其相關研究領域的主導地位和整體競爭實力。近5年來，累計獲得18項各級科技進步獎，發(fā)表SCI論文1500多篇，國內核心期刊論文1200余篇，出版學術專著40余部，授權發(fā)明專利90多項。
截至2018年底，南京土壤研究所共有在職職工306人。其中科技人員223人、科技支撐人員58人，包括中國科學院院士2人，中國工程院院士1人，研究員及正高級工程技術人員64人、副研究員及高級工程技術人員92人。國家杰出青年科學基金獲得者10人。
南京土壤研究所是1981年國務院學位委員會批準的首批具有碩士和博士學位授予權的單位之一，現(xiàn)設有農業(yè)資源與環(huán)境、環(huán)境科學與工程、生態(tài)學等3個一級學科博士研究生培養(yǎng)點，土壤學、植物營養(yǎng)學、環(huán)境科學等11個專業(yè)二級學科碩士研究生培養(yǎng)點，并設有農業(yè)資源與環(huán)境、環(huán)境科學與工程、生態(tài)學3個一級學科博士后流動站。
南京土壤研究所先后與30多個國家和地區(qū)建立了合作研究關系，與英國洛桑試驗站、蘇格蘭作物科學研究所、日本農業(yè)環(huán)境研究所、澳大利亞Melbourn大學、Griffith 大學等一批國際著名研究機構和大學簽訂了長期全面合作協(xié)議。2018年通過競爭成功獲得第23屆世界土壤學大會舉辦權。作為全球數(shù)字土壤制圖計劃亞洲中心、國際氮素行動計劃東亞中心、全球土壤伙伴計劃亞洲中心、全球土壤修復網(wǎng)絡亞洲中心，代表中國在國際土壤學組織以及重大科研行動計劃中持續(xù)發(fā)揮了主導作用。
南京土壤研究所是中國土壤學會、江蘇省土壤學會和全國土壤質量標準化技術委員會的掛靠單位；主辦Pedosphere、《土壤學報》、《土壤》等３份學術期刊，其中Pedosphere是我國唯一的土壤科學英文學術期刊且被收錄為SCI源刊。
中國科學院南京土壤研究所作為國家首批具有碩士和博士學位授予權的單位之一，目前擁有農業(yè)資源與環(huán)境（含土壤學、植物營養(yǎng)學、資源環(huán)境與遙感信息）、環(huán)境科學與工程（環(huán)境科學、環(huán)境工程）、生態(tài)學三個一級學科的博士和碩士學位點；地圖學與地理信息系統(tǒng)、水土保持與荒漠化防治二個碩士學位點；工程碩士（環(huán)境工程、生物工程領域）和農業(yè)碩士（農業(yè)資源利用領域）二個全日制專業(yè)學位培養(yǎng)點和“農業(yè)資源與環(huán)境”、“環(huán)境科學與工程”二個博士后流動站。
目前南京土壤研究所擁有博士研究生指導教師及碩士研究生指導教師110余名，其中中科院院士2人；在讀研究生340余人。迄今已累計培養(yǎng)研究生1200多名（含留學生8名）。
自2000年以來，培養(yǎng)的研究生學生獲得教育部和中國科學院各類獎項240余人次，其中：4名畢業(yè)生榮獲全國百篇優(yōu)秀博士學位論文獎（1人提名獎），21名畢業(yè)生獲中科院和江蘇省優(yōu)秀博士學位論文獎（2人提名獎），12名畢業(yè)生獲江蘇省優(yōu)秀碩士學位論文獎，38名畢業(yè)生獲中科院院長獎（4名特別獎）等，更多畢業(yè)生在各自的工作領域內成為了佼佼者。