中國科學(xué)院南京地質(zhì)古生物研究所成立于1951年，其前身為前中央研究院地質(zhì)研究所及前中央地質(zhì)調(diào)查所等機(jī)構(gòu)的古生物室(組)，目前是我國唯一的從事古生物學(xué)(古無脊椎動(dòng)物學(xué)與古植物學(xué))和地層學(xué)研究的專業(yè)機(jī)構(gòu)。
著名地質(zhì)古生物學(xué)家、中國科學(xué)院副院長李四光教授為首任所長，此后斯行健院士、趙金科院士、吳望始研究員、曹瑞驥研究員、穆西南研究員、沙金庚研究員、楊群研究員先后任所長，現(xiàn)任所長詹仁斌研究員。
1998年8月，本所成為中國科學(xué)院首批知識創(chuàng)新工程試點(diǎn)單位，2011年成為首批“創(chuàng)新2020”整體擇優(yōu)支持的研究所，2017年籌建“生物演化與環(huán)境卓越創(chuàng)新中心”。本所的創(chuàng)新總目標(biāo)為充分利用我國古生物與地層資源的特色，本所人才和學(xué)術(shù)優(yōu)勢，聯(lián)合其他學(xué)科和單位，開展古生物學(xué)和地層學(xué)基礎(chǔ)研究和應(yīng)用基礎(chǔ)研究，以我為主，積極參與國際合作與競爭，力爭在古生物學(xué)和生物地層學(xué)前沿領(lǐng)域，以及全球重大地質(zhì)學(xué)和古生物學(xué)理論探討中，做出若干獨(dú)創(chuàng)性和有重大國際影響的創(chuàng)新成果，為我國地層古生物學(xué)的發(fā)展，為全民科學(xué)普及，國民經(jīng)濟(jì)建設(shè)和社會(huì)發(fā)展，以及國家知識創(chuàng)新體系建設(shè)做出更大的貢獻(xiàn)。
本所目標(biāo)是建成并保持一個(gè)國際一流的動(dòng)、植物化石門類齊全的古生物學(xué)和地層學(xué)研究中心、咨詢服務(wù)中心、技術(shù)支撐中心、標(biāo)本收藏中心、信息數(shù)據(jù)中心、人才培養(yǎng)基地和科學(xué)傳播基地。
本所是國務(wù)院學(xué)位委員會(huì)首批批準(zhǔn)的博士、碩士學(xué)位授予權(quán)單位之一�，F(xiàn)設(shè)有“古生物學(xué)與地層學(xué)”、“地球生物學(xué)”、“地質(zhì)工程”和“ 礦物學(xué)、巖石學(xué)、礦床學(xué)”四個(gè)專業(yè)二級學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，“古生物學(xué)與地層學(xué)”、“地球生物學(xué)”和“礦物學(xué)、巖石學(xué)、礦床學(xué)”三個(gè)博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)�，F(xiàn)有博士生導(dǎo)師30余名，碩士生導(dǎo)師50余名。迄今為止，本所共招收和培養(yǎng)了研究生三百余人，其中博士學(xué)位研究生百余人、碩士學(xué)位研究生兩百余人，為我國古生物地層事業(yè)培養(yǎng)了一大批熱愛祖國、事業(yè)心強(qiáng)、學(xué)風(fēng)嚴(yán)謹(jǐn)、開拓創(chuàng)新的優(yōu)秀高層次的研究人才和跨世紀(jì)的學(xué)科帶頭人。