中國科學院分子植物科學卓越創(chuàng)新中心（簡稱“分子植物卓越中心”）是中國科學院直屬的獨立事業(yè)法人科研機構，其前身是中國科學院上海植物生理生態(tài)研究所。1999年，原中國科學院上海植物生理研究所與原中國科學院上海昆蟲研究所整合成立中國科學院上海植物生理生態(tài)研究所。2016年，植物生理生態(tài)研究所依托分子植物卓越中心，設立中國科學院直屬科研機構。2019年，分子植物卓越中心獲批獨立事業(yè)法人資格。
分子植物卓越中心按照“三個面向”、“四個率先”戰(zhàn)略要求，圍繞國家重大需求，瞄準世界科技前沿，提升原始創(chuàng)新能力，引領高水平學科交叉，凝聚一流創(chuàng)新人才，努力建設成為國際一流的創(chuàng)新型研究機構。
分子植物卓越中心將聚焦植物遺傳、發(fā)育、生理及其與環(huán)境互作的重大基礎科學問題及科技前沿，開展原創(chuàng)性、系統(tǒng)性的基礎和應用基礎研究，為現(xiàn)代農業(yè)、生態(tài)環(huán)境和人民健康服務。按照“一體兩翼”（以分子植物科學為主體，促進與昆蟲科學和合成生物學為兩翼的交叉研究）的學科建設模式，全力鞏固、發(fā)展各自學科優(yōu)勢與特色，推進交叉集成、聯(lián)合攻關，進一步充實提升已有優(yōu)勢領域，形成了更加有效地服務于發(fā)展戰(zhàn)略定位、核心競爭力更加突出的創(chuàng)新團隊。
截至2020年底，分子植物卓越中心共有在職職工413人。其中科技人員275人、科技支撐人員55人，包括中國科學院院士8人、美國科學院院士1人、發(fā)展中國家科學院院士4人、研究員及正高級工程技術人員89人、副研究員及高級工程技術人員78人；全所進入創(chuàng)新崗位330人。共有在學研究生633人（其中碩士生226人、博士生407人）。
2020年，分子植物卓越中心取得了一批令人矚目的科研成果，共發(fā)表SCI研究論文280余篇，包括Cell、Nature、Science、Nat Biotech、Nat Plants、Mol Plant、Plant Cell 、Mol Cell、Cell Res、EMBO J、PNAS、Nat Commun、PLoS Gene、Nucleic Acids Res等國際重要學術期刊�！白魑镫s種優(yōu)勢遺傳機制及植物能量代謝和環(huán)境應答調控機制”入選中國科學院“率先行動”計劃第一階段重大科技成果及標志性進展。在植物響應生物脅迫應答機制方面揭示植物中存在一條連接細胞膜和葉綠體的重要抗病信號途徑，為設計植物保護策略和開發(fā)新的抗病品種提供了新思路（Cell，2020；eLife，2020）；解析植物的基礎免疫通路等參與控制植物葉際微生物群的穩(wěn)態(tài)維持的分子機制，推動植物微生物群領域向功能性研究的轉變（Nature，2020）；破解豆科植物結瘤固氮的分子奧秘，發(fā)現(xiàn)SHR-SCR干細胞分子模塊是豆科植物共生結瘤固氮的關鍵分子模塊，為非豆科植物皮層細胞命運的改造奠定了基礎（Nature, 2020）；聚焦玉米籽粒品質性狀發(fā)育的重要生物學問題，破解優(yōu)質蛋白玉米育成之謎，揭示玉米硬質胚乳形成的分子遺傳機制（Plant Cell，2020；Plant Biotechnol J，2020；Nat Commun，2020a，b）；進一步系統(tǒng)地、深入地發(fā)展了植物基因編輯技術，在水稻上建立了一種高效的片段靶向敲入和替換技術，促進農作物定向遺傳改良的進程（Nat Biotechnol，2020）；圍繞蚊蟲免疫反應的分子機制，揭示按蚊雌雄求偶通訊的化學奧秘，為研發(fā)基于“行為調控”理論的蚊蟲綠色防控技術提供了新策略和新途徑（Science，2020 accepted；Sci Adv, 2020）；著力打造重要天然產物合成的細胞工廠，建立基于細胞內源性群體感應和CRISPRi的新型多靶點動態(tài)調控系統(tǒng)，實現(xiàn)一系列天然產物在微生物和植物底盤中的高效合成（Commun Biol，2020；Nucleic Acids Res，2020）。分子植物卓越中心榮獲梁希林業(yè)自然科學獎一等獎1項（第三完成單位），中國熱帶農業(yè)科學院科學技術獎一等獎1項（第五完成單位）。此外，新增專利申請85件，其中國內申請73件，PCT及國際申請12件；新增授權專利25件，其中國內授權22件，國際授權3件。
分子植物卓越中心是中國植物生理與植物分子生物學學會、上海市植物生理與植物分子生物學學會、上海市昆蟲學會、上海市生物工程學會的掛靠單位。
2020年，分子植物卓越中心主辦國際學術期刊《分子植物》（Molecular Plant）影響因子為12.084，并創(chuàng)辦了《分子植物》的姊妹刊《植物通訊》（Plant Communications）。中文期刊《植物生理學報》核心影響因子為1.364。
分子植物卓越中心地處國際都市上海腹地，是中科院最早建成的研究所之一，擁有我國第一批獲得博士學位授予資格的研究所，科學創(chuàng)新文化底蘊深厚，科研進展活躍。博士專業(yè)有：植物學、動物學、微生物學、遺傳學、生物化學與分子生物學、細胞生物學。學術碩士專業(yè)有：植物學、動物學、微生物學、遺傳學、生物化學與分子生物學、細胞生物學。專業(yè)碩士專業(yè)：生物與醫(yī)藥。
中心擁有一支結構優(yōu)化、國際水平的科研隊伍，分子植物卓越中心共有在職職工413人。其中科技人員275人、科技支撐人員55人，包括中國科學院院士8人、美國科學院院士1人、發(fā)展中國家科學院院士4人、研究員及正高級工程技術人員89人、副研究員及高級工程技術人員78人。現(xiàn)有在站博士后100人。在學研究生604人（其中碩士生214人、博士生390人）。
在讀研究生的待遇由助學金、獎學金、助研津貼和學業(yè)獎學金等組成，并可申請中國科學院院長獎學金、國家獎學金、朱李月華獎學金、地奧獎學金、唐立新獎學金及荃銀創(chuàng)新人才獎學金、中國銀行獎學金，還有三好學生、三好學生標兵、優(yōu)秀學生干部、優(yōu)秀畢業(yè)生等榮譽稱號等，所涉及金額近70萬元，獲獎比例高達30%。