中國(guó)科學(xué)院上海巴斯德研究所（簡(jiǎn)稱上海巴斯德所）于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月開(kāi)始運(yùn)行，2007年7月23日獲中央機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)辦公室批復(fù)，是中科院與法國(guó)巴斯德研究所唯一整建制從事人類(lèi)傳染性疾病基礎(chǔ)研究和相關(guān)技術(shù)應(yīng)用的綜合性研究機(jī)構(gòu)。2020年1月2日，中國(guó)科學(xué)院黨組將上海巴斯德所正式納入直屬事業(yè)單位的管理序列。
上海巴斯德所聚焦病原微生物基本生命活動(dòng)規(guī)律、重大傳染性疾病的致病機(jī)制等關(guān)鍵科學(xué)問(wèn)題，推動(dòng)熱帶病病原學(xué)、免疫學(xué)和疫苗學(xué)知識(shí)創(chuàng)新與學(xué)科發(fā)展。以解決病原發(fā)現(xiàn)、生物治療（抗體、疫苗等）共性瓶頸技術(shù)問(wèn)題為著力點(diǎn)，重點(diǎn)為健康中國(guó)、健康上海提供科技支撐和解決方案。以創(chuàng)新國(guó)際合作機(jī)制為契機(jī)，建設(shè)標(biāo)桿式的國(guó)際化研究所，為“一帶一路”提供技術(shù)支撐與保障。上海巴斯德所現(xiàn)設(shè)有生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)2個(gè)專(zhuān)業(yè)一級(jí)學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，細(xì)胞生物學(xué)、微生物學(xué)、免疫學(xué)、病原生物學(xué)、生物與醫(yī)藥5個(gè)專(zhuān)業(yè)二級(jí)學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點(diǎn)。
上海巴斯德所是巴斯德國(guó)際網(wǎng)絡(luò)成員之一，從2016年起擔(dān)任亞太區(qū)總協(xié)調(diào)單位（巴斯德國(guó)際網(wǎng)絡(luò)作為世衛(wèi)大會(huì)非政府成員，是傳染病防治領(lǐng)域的一支重要國(guó)際科技組織）并充分發(fā)揮亞太區(qū)協(xié)調(diào)人單位的作用，以科學(xué)和公共衛(wèi)生使命為紐帶，通過(guò)該網(wǎng)絡(luò)積極拓展國(guó)際科技合作。
上海巴斯德所下設(shè)中科院分子病毒與分子免疫重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,微生物、發(fā)育與健康研究中心等學(xué)術(shù)單元，是首批“國(guó)家級(jí)國(guó)際聯(lián)合研究中心”之一。另設(shè)1個(gè)公共技術(shù)服務(wù)平臺(tái)、6個(gè)行政管理部門(mén)，包括：研究所辦公室、黨委辦公室（紀(jì)監(jiān)審辦公室）、科技發(fā)展與合作處、人事教育處（下設(shè)研究生工作辦公室）、財(cái)務(wù)與資產(chǎn)處、綜合管理處。
截至2020年12月31日，研究所共有在職職工151人，博士后47人（含廣上聯(lián)培博士后36人）。其中，正高級(jí)專(zhuān)業(yè)技術(shù)崗位35人，副高級(jí)專(zhuān)業(yè)技術(shù)崗位19人，全體職工與博士后平均年齡36歲，外籍人員占8%。研究所設(shè)有生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)2個(gè)專(zhuān)業(yè)一級(jí)學(xué)科博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，細(xì)胞生物學(xué)、微生物學(xué)、免疫學(xué)、病原生物學(xué)、生物與醫(yī)藥5個(gè)專(zhuān)業(yè)二級(jí)學(xué)科碩士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，共有各類(lèi)碩博研究生196人。
中國(guó)科學(xué)院上海巴斯德研究所設(shè)有微生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)等共2個(gè)生物學(xué)學(xué)科專(zhuān)業(yè)的博士學(xué)科培養(yǎng)點(diǎn)；設(shè)有微生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)共2個(gè)生物學(xué)學(xué)科專(zhuān)業(yè)，免疫學(xué)、病原生物學(xué)共2個(gè)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)科專(zhuān)業(yè)的碩士學(xué)科培養(yǎng)點(diǎn)以及生物與醫(yī)藥專(zhuān)業(yè)學(xué)位碩士研究生培養(yǎng)點(diǎn)。
上海巴斯德所生物學(xué)培養(yǎng)點(diǎn)自成立以來(lái)，不斷凝練優(yōu)化學(xué)科布局，聚焦病毒學(xué)、免疫學(xué)和疫苗學(xué)等核心學(xué)科，以重大傳染病特別是新生、突發(fā)性傳染性疾病的相關(guān)研究為主線，開(kāi)展相關(guān)致病機(jī)制、免疫應(yīng)答規(guī)律及防治策略研究，解決傳染性病防控及新型疫苗研發(fā)、評(píng)價(jià)等方面的重大科學(xué)問(wèn)題，已形成了良好的學(xué)科布局。
研究所已建立高水平的研究生培養(yǎng)體系，構(gòu)筑學(xué)科特色鮮明、具有國(guó)際影響力的科教融合基地，為國(guó)家培養(yǎng)傳染病基礎(chǔ)和應(yīng)用研究領(lǐng)域的高素質(zhì)后備人才。