中國科學院微生物研究所成立于1958年12月3日，其前身是中國科學院應用真菌研究所和中國科學院北京微生物研究室，目前已發(fā)展成為一個具有雄厚基礎、強大實力和廣泛影響的綜合性微生物學研究和微生物技術研發(fā)機構。
研究所堅持“微生物、高科技、大產業(yè)”的戰(zhàn)略定位，面向世界科技前沿，面向國家重大需求，面向國民經濟主戰(zhàn)場，圍繞“生命與健康”和“資源生態(tài)環(huán)境”創(chuàng)新領域，以微生物資源、微生物技術、病原微生物與免疫為主要研究領域，在研究微生物生物多樣性、基本生命特征和生態(tài)功能的基礎上，努力創(chuàng)建從微生物資源開發(fā)、功能改造和利用、生物技術創(chuàng)新到成果轉化的自主研發(fā)體系，創(chuàng)建世界一流的微生物學研究中心和微生物技術研發(fā)基地。
微生物所設有微生物資源前期開發(fā)國家重點實驗室、真菌學國家重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室（與中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所共建）、中國科學院微生物生理與代謝工程重點實驗室、中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室五個重點實驗室。2020年2月，依托微生物所成立了中國科學院農業(yè)微生物先進技術工程實驗室。同時設有微生物資源與大數據中心和技術轉移轉化中心。另有依托微生物所建設中國科學院—發(fā)展中國家科學院生物技術卓越中心、中國科學院—發(fā)展中國家科學院新發(fā)突發(fā)傳染病研究與交流卓越中心和中國科學院流感研究與預警中心。微生物所擁有亞洲最大的館藏54萬余號標本的菌物標本館、國內最大的保藏量8萬余株菌的中國普通微生物菌種保藏管理中心、數據資源總量超過3PB的國家微生物科學數據中心，是我國微生物資源與數據的核心支撐力量。研究所建有生物安全三級實驗室、所級公共技術中心、SPF動物房等技術支撐平臺，擁有一個藏書（刊）5萬余冊的專業(yè)性圖書館。
2020年初疫情暴發(fā)，研究所快速組建起從感染致病和傳播機制、病毒溯源及檢測、抗體及藥物篩選到疫苗開發(fā)的協(xié)同創(chuàng)新抗疫攻關全鏈條。基礎研究碩果頻出，領先國際；相關成果入選政府發(fā)布的《抗擊新冠肺炎疫情的中國行動》白皮書�！靶滦凸跔畈《緡铱萍假Y源服務系統(tǒng)”入選“全球15項世界互聯(lián)網領先科技成果”。
截至2020年底，微生物所共有在編職工494人，其中院士5人。在站博士后94人，在讀博士和碩士研究生559人。
微生物所是1981年國務院學位委員會批準的博士學位授予權單位之一，現(xiàn)設有生物學、基礎醫(yī)學和藥學三個一級學科，包括微生物學、遺傳學、生物化學與分子生物學、生物信息學、病原生物學、免疫學、微生物與生化藥學等七個二級學科專業(yè)博士、碩士學位研究生培養(yǎng)點；設有生物與醫(yī)藥專業(yè)碩士學位研究生培養(yǎng)點；同時設有生物學和基礎醫(yī)學一級學科下微生物學、遺傳學、生物化學與分子生物學、病原生物學和免疫學五個二級學科專業(yè)博士后流動站。
目前掛靠微生物所的學術組織有中國微生物學會、中國菌物學會、中國生物工程學會3個國家級學會，微生物所與相關學會共同主持編輯出版的學術刊物有《微生物學報》、《微生物學通報》、《菌物學報》、《生物工程學報》及英文刊物MYCOLOGY。2020年底，微生物所啟動創(chuàng)辦微生物學高水平綜合性英文期刊mLife。
學術型碩士研究生旨在培養(yǎng)全面發(fā)展，愛國守法，具有社會責任感，在本學科內掌握堅實的基礎理論和系統(tǒng)的專門知識，具有從事科學研究、教學、管理或獨立承擔專門技術工作能力、富有創(chuàng)新精神、創(chuàng)新能力的高層次學術型專門人才。
專業(yè)學位碩士研究生面向社會需求，面向科技前沿，適應工程技術發(fā)展和創(chuàng)新需要，培養(yǎng)全面發(fā)展、愛國守法、掌握相關專業(yè)領域堅實的基礎理論和寬廣的專業(yè)知識、具有較強的解決實際問題的能力、能夠承擔專業(yè)技術或管理工作，具有良好職業(yè)素養(yǎng)的高層次應用型專門人才。
微生物所招收的碩士研究生均為全日制碩士研究生。