中國科學(xué)院動物研究所歷史悠久，其前身是1928年成立的靜生生物調(diào)查所、1929年成立的中央研究院動物研究所和1929年成立的北平研究院動物研究所。1950年，中國科學(xué)院接收了上述三個研究所的部分資料、標(biāo)本和設(shè)備，成立了中國科學(xué)院昆蟲研究室和動物標(biāo)本整理委員會。二者分別于1953年和1957年進(jìn)一步發(fā)展為昆蟲研究所和動物研究所，之后1962年兩所合并成為現(xiàn)在的動物研究所。動物研究所曾產(chǎn)生過16位中國科學(xué)院學(xué)部委員（院士），在國家自然資源調(diào)查、自然保護(hù)區(qū)設(shè)立、蟲鼠害防治、珍稀瀕危動物保護(hù)、生殖避孕等領(lǐng)域做出過重要歷史貢獻(xiàn)。
動物研究所是以動物科學(xué)基礎(chǔ)研究為主的社會公益型國家級科研機(jī)構(gòu)。以野生動物和模式動物為研究對象，開展現(xiàn)代動物學(xué)研究，服務(wù)于人口健康、農(nóng)業(yè)和生物多樣性保護(hù)等國家重大需求。在細(xì)胞編程與重編程的機(jī)制、生殖與發(fā)育調(diào)控、生物災(zāi)害爆發(fā)機(jī)制與控制、物種瀕危機(jī)制與保護(hù)等領(lǐng)域發(fā)揮引領(lǐng)作用；在動物分類與進(jìn)化、農(nóng)業(yè)蟲鼠害防控和瀕危動物保護(hù)中發(fā)揮不可替代的作用。動物研究所“一三五”戰(zhàn)略規(guī)劃目標(biāo)包括三個重大突破和六個重點培育方向：三個重大突破：（一）干細(xì)胞與再生醫(yī)學(xué)；（二）害蟲害鼠行為調(diào)控；（三）動物進(jìn)化與保護(hù)。六個重點培育方向：（一）生育力維持與生殖健康；（二）膜生物學(xué)與重大疾病；（三）有害生物成災(zāi)機(jī)制與防控；（四）物種的瀕危機(jī)制與保護(hù)；（五）動物多樣性格局形成與演化機(jī)制；（六）人類疾病動物模型的創(chuàng)制。
動物研究所正式職工432人，其中院士2人，“國家杰出青年基金項目”獲得者28人，“國家優(yōu)秀青年基金項目”獲得者14人，中國科學(xué)院先導(dǎo)專項首席科學(xué)家2人，離退休人員356人，在站博士后132人，在讀注冊博士和碩士研究生743人，另有與其他高校、科研院所聯(lián)合培養(yǎng)的研究生近300人。
“十三五”期間，動物研究所科技創(chuàng)新取得一系列成果和進(jìn)展。動研究所作為第一完成單位發(fā)表SCI論文1497篇，其中在TOP15%期刊發(fā)表論文589篇，占總論文數(shù)量的39.3%；在IF≧5期刊發(fā)表論文540篇，占總論文數(shù)量的36.1%�！笆濉逼陂g，動物所作為第一完成單位獲得國家級、省部級和國際性等各類獎項20余項，包括：國家自然科學(xué)獎二等獎2項、國際科學(xué)技術(shù)合作獎和友誼獎各1項，中國科學(xué)院杰出科技成就獎4項、國際合作獎2項，2項成果入選中國科學(xué)院“率先行動”計劃第一階段重大科技成果及標(biāo)志性進(jìn)展，5項成果入選“中國生命科學(xué)十大進(jìn)展”、2項成果入選“中國科學(xué)十大進(jìn)展”。
近年來，動物研究所國際學(xué)術(shù)交流活動日益頻繁。“十三五”期間，共有來自美國、加拿大、俄羅斯、英國、德國等國家的40余位優(yōu)秀外籍科學(xué)家到所工作；承擔(dān)各類國際合作項目80余項。
動物研究所主辦的學(xué)術(shù)刊物有7種，分別是《Current Zoology》、《Insect Science》、《Integrative Zoology》、《昆蟲學(xué)報》、《動物分類學(xué)報》、《動物學(xué)雜志》、《應(yīng)用昆蟲學(xué)報》，其中《Current Zoology》、《Insect Science》、《Integrative Zoology》是SCI收錄的期刊，其影響因子依次為2.351、2.791和2.541。其他 4 種刊物為我國自然科學(xué)的核心期刊。
動物研究所在科學(xué)普及教育和科學(xué)研究領(lǐng)域發(fā)揮重要作用，在普及科學(xué)知識、傳播先進(jìn)文化、弘揚(yáng)科學(xué)精神和倡導(dǎo)科學(xué)思維等方面，成為我國現(xiàn)代科學(xué)文明與創(chuàng)新文化的重要源泉和基地。國家動物博物館曾先后被授予“全國科普教育基地”、“北京市社會大課堂資源單位”、“首批全國中小學(xué)科普教育社會實踐基地”、“北京市第一次全國可移動文物普查先進(jìn)集體”等榮譽(yù)稱號。
動物研究所在2005年被國家人事部授予“全國優(yōu)秀博士后科研流動站”稱號動物研究所在2003年全國一級學(xué)科生物學(xué)學(xué)科評估中整體水平排名第二。
1981年，國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)動物研究所為我國首批具有博士、碩士學(xué)位授予權(quán)單位；1987年獲準(zhǔn)開展具有研究生畢業(yè)同等學(xué)力的在職人員理學(xué)碩士學(xué)位、博士學(xué)位資格授予工作；1988年經(jīng)全國博士后管委會批準(zhǔn)建立博士后科研流動站；1994年獲準(zhǔn)為博士生導(dǎo)師自行評定單位；1997年后連續(xù)兩次被評為中國科學(xué)院博士生重點培養(yǎng)基地；1998年被國務(wù)院學(xué)位委員會首批批準(zhǔn)為一級學(xué)科（生物學(xué)）博士、碩士學(xué)位授予權(quán)單位；2000年再次被批準(zhǔn)為中國科學(xué)院博士生重點培養(yǎng)基地。
動物研究所不僅是我國動物學(xué)研究領(lǐng)域重要的科學(xué)研究基地，也是培養(yǎng)高層次研究人才的重要基地。研究所自招生以來，始終把人才培養(yǎng)作為一項基本任務(wù)。多年來，始終堅持出成果、出人才并重的宗旨。從研究所自身的學(xué)科發(fā)展特點和社會發(fā)展的需求出發(fā)，實行教育與科研相結(jié)合的培養(yǎng)模式，在研究生教育與培養(yǎng)方面，進(jìn)行了許多有益的嘗試，制定了一系列切實可行的具體措施，為國家培養(yǎng)了一批又一批既有堅實而豐厚的理論基礎(chǔ)，又具有很強(qiáng)的科研動手能力和創(chuàng)新意識的高層次人才。動物研究所研究生教育經(jīng)過不斷發(fā)展與鞏固，目前，無論從規(guī)模和結(jié)構(gòu)，還是從質(zhì)量和水平均已經(jīng)取得了長足的發(fā)展。
2003年，動物研究所研究生培養(yǎng)質(zhì)量，在全國一級學(xué)科（生物學(xué)）整體水平評估位居第二。2005年，動物研究所在全國生物學(xué)科博士后流動站的評估中成績突出，名列前茅，首次獲得人事部、全國博士后管委會授予的“全國優(yōu)秀博士后流動站”稱號。動物研究所在全國一級學(xué)科（生物學(xué)）博士后科研流動站整體評估水平評估位居第二。
動物研究所自主組織開設(shè)“研究生思想政治課程暨研究生綜合素質(zhì)教育系列講座”，已經(jīng)連續(xù)10年。每年度特別聘請國內(nèi)外著名專家學(xué)者，蒞臨研究所講授心理、倫理道德、人文歷史、軍事、政治經(jīng)濟(jì)、藝術(shù)等領(lǐng)域的熱點問題，著力將理論與實際，愛國教育與個人修養(yǎng)融為一體。旨在通過講座，激發(fā)全體研究生的憂患意識和愛國熱情，引導(dǎo)學(xué)生樹立正確的世界觀、人生觀和價值觀。每年從研究生課后政治作業(yè)中精選89篇優(yōu)秀論文，匯編《博士學(xué)子的社會思考》論文集。體現(xiàn)了他們政治上的敏銳性和對國家及民族的使命感和責(zé)任感。
2005年動物研究所博士研究生李文東作為第一作者，動物研究所為第一完成單位，在《科學(xué)》雜志發(fā)表一篇關(guān)于SARS研究的文章并于2006年度獲得了中國科學(xué)院院長特別獎。2006年（鄭艷華博士）、2007年（李文東博士），共獲得兩篇中科院優(yōu)博論文。2006年，動物研究所與河南濟(jì)源白云實業(yè)有限公司聯(lián)合共建的企業(yè)博士后科研工作站獲得國家人事部批準(zhǔn)。