中國科學(xué)院地質(zhì)與地球物理研究所是1999年6月由中國科學(xué)院地質(zhì)研究所和中國科學(xué)院地球物理研究所整合而成。2004年，中國科學(xué)院武漢物理與數(shù)學(xué)研究所電離層研究室整體調(diào)整到本所。整合后的地質(zhì)與地球物理研究所是目前中國最重要和最知名的地學(xué)研究機構(gòu)之一。
研究所戰(zhàn)略定位是“面向世界科技前沿，面向國家重大需求和國民經(jīng)濟主戰(zhàn)場，以固體地球科學(xué)為主攻方向，建設(shè)‘理論創(chuàng)新＋技術(shù)研發(fā)＋成果轉(zhuǎn)化+科教融合’四位一體的新型國際化研究中心”。在全球性地球科學(xué)問題研究上取得原創(chuàng)性突破，發(fā)展地球科學(xué)理論；聚焦國家資源、能源和環(huán)境領(lǐng)域重大科學(xué)問題，支撐國家戰(zhàn)略需求和服務(wù)經(jīng)濟社會發(fā)展。近年來，研究所致力于科研理念、組織架構(gòu)、管理模式和創(chuàng)新體制等方面的轉(zhuǎn)變。從全球視野的角度，組織科研力量對特提斯構(gòu)造域演化與資源能源效應(yīng)、克拉通破壞與巨量金屬成礦、地球內(nèi)部結(jié)構(gòu)與過程、比較行星學(xué)等學(xué)科前沿問題開展了研究，并取得重要進展。同時聚焦國家資源探測戰(zhàn)略需求，圍繞深部資源探測先導(dǎo)技術(shù)和自主儀器裝備研發(fā)展開集成攻關(guān)并取得關(guān)鍵突破。當(dāng)前，研究所積極實施中國科學(xué)院“率先行動”計劃，與中國科學(xué)院廣州地球化學(xué)研究所和中國科學(xué)院地球化學(xué)研究所共同籌建“中國科學(xué)院地球科學(xué)研究院”，努力成為深部資源勘探裝備與開發(fā)前沿技術(shù)的引領(lǐng)者，成為資源新理論與創(chuàng)新技術(shù)產(chǎn)業(yè)化的示范者和實踐者，成為世界領(lǐng)先的深部資源技術(shù)解決方案提供者，成為高端地學(xué)人才培養(yǎng)者。
研究所現(xiàn)有在崗人員731人，其中具有高級專業(yè)技術(shù)職務(wù)322人，中國科學(xué)院院士16人，中國工程院院士1人，國家杰出青年基金獲得者38人，優(yōu)秀青年科學(xué)基金獲得者24人，基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（973）首席科學(xué)家7人，國家自然科學(xué)基金委創(chuàng)新研究群體7個。2009年獲中組部授予“海外高層次人才創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)基地”，2014年獲科技部授予“創(chuàng)新人才培養(yǎng)示范基地”。研究所是國家最早確定的碩士、博士研究生培養(yǎng)基地和博士后流動站單位，是中國科學(xué)院首批博士生重點培養(yǎng)基地，現(xiàn)有研究生675人（含留學(xué)生23人），博士后145人。
研究所建有巖石圈演化國家重點實驗室，地球與行星物理、頁巖氣與地質(zhì)工程、礦產(chǎn)資源研究、油氣資源研究、新生代地質(zhì)與環(huán)境等五個中國科學(xué)院重點實驗室以及中國科學(xué)院深地資源裝備技術(shù)工程實驗室。技術(shù)平臺現(xiàn)有技術(shù)支撐人員173人，建有地球物質(zhì)成分與性質(zhì)分析、地質(zhì)年代學(xué)測定、地球內(nèi)部結(jié)構(gòu)探測、古環(huán)境數(shù)據(jù)分析、空間環(huán)境觀測、數(shù)據(jù)處理與數(shù)值模擬、大數(shù)據(jù)與人工智能、科研實驗儀器研制與應(yīng)用等八大實驗系統(tǒng)，擁有地質(zhì)學(xué)、地球化學(xué)、地球物理、地質(zhì)工程、行星科學(xué)等學(xué)科研究中最主要的儀器設(shè)備，具備對地球和行星進行全方位綜合研究的能力。牽頭組建“中國科學(xué)院北京地球系統(tǒng)與環(huán)境科學(xué)大型儀器區(qū)域中心”，為研究所乃至國際上地球系統(tǒng)科學(xué)的研究提供強有力的技術(shù)支撐。
近年來，研究所承擔(dān)了國家科技重大專項、國家重大科研裝備研制項目、國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金重大研究計劃重點項目、重大項目課題、重點項目及中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)專項、中國科學(xué)院重點部署項目等國家級重要項目200余項。研究所秉持唯才是舉、寬松公平的學(xué)術(shù)文化理念，促進優(yōu)秀人才成長，注重創(chuàng)新思想培育，著力提升開展大科學(xué)研究和解決國家重大需求的能力，在固體地球科學(xué)領(lǐng)域做出了一系列創(chuàng)新性成果。2000年（含）以來，以第一排名單位獲得國家自然科學(xué)二等獎11項、國家科學(xué)技術(shù)進步二等獎2項，2003年劉東生院士獲得國家最高科學(xué)技術(shù)獎。同時研究所高度重視知識產(chǎn)權(quán)工作，截至2019年底，發(fā)明專利授權(quán)567件，實用新型專利授權(quán)87件，外觀設(shè)計專利授權(quán)3件，國外專利授權(quán)42件。
研究所是我國最早批準(zhǔn)具有碩士與博士學(xué)位授予權(quán)的研究生招生和培養(yǎng)單位之一，也是中國科學(xué)院首批博士生重點培養(yǎng)基地。具有培養(yǎng)“地質(zhì)學(xué)”、“地球物理學(xué)”和“地質(zhì)資源與地質(zhì)工程”三個一級學(xué)科和“海洋地質(zhì)學(xué)”二級學(xué)科的碩士和博士學(xué)位研究生招生、培養(yǎng)資格和學(xué)位初審權(quán)。同時，由研究所牽頭正在實施增設(shè)中國科學(xué)院大學(xué)行星科學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位培養(yǎng)點，目前已通過中國科學(xué)院大學(xué)審批，研究所已設(shè)立行星內(nèi)部物理學(xué)、行星空間物理學(xué)、行星地質(zhì)學(xué)、行星化學(xué)、行星表面環(huán)境、天體生物學(xué)等相關(guān)研究方向。
研究所現(xiàn)有研究生導(dǎo)師321人，包括博士生導(dǎo)師129人（其中中科院院士15人、中國工程院院士1人、國家杰出青年基金獲得者38人、國家優(yōu)秀青年基金獲得者20人）、碩士生導(dǎo)師151人、院內(nèi)或院外兼職博士生導(dǎo)師31人、兼職碩士生導(dǎo)師10人。
研究所專業(yè)設(shè)置齊全，具有多學(xué)科交叉、融合的特點，注重培養(yǎng)具有多學(xué)科、多專業(yè)協(xié)同研究能力、掌握寬泛專業(yè)基礎(chǔ)知識和進行綜合性研究工作的專業(yè)人才。
研究所每年通過高校優(yōu)秀畢業(yè)生推薦免試及全國統(tǒng)考招收80名左右學(xué)術(shù)型碩士研究生，通過推免生直接攻博、所內(nèi)碩士生轉(zhuǎn)博及公開招考招收90名左右博士研究生。目前，研究所在讀研究生678人，包括博士生467人（含留學(xué)生21人）、碩士生211人。1999年以來共畢業(yè)研究生2135人，其中博士畢業(yè)生1602人（含留學(xué)生15人）。
近年來，研究所不斷加強和完善研究生招生、培養(yǎng)的過程管理。每年7月舉辦“地球與行星科學(xué)大學(xué)生夏令營”，吸引國內(nèi)外重點高校地學(xué)及其相關(guān)領(lǐng)域的優(yōu)秀本科生來所學(xué)習(xí)和參觀；研究生在讀期間，通過開展不同專業(yè)的野外教學(xué)實習(xí)（包括法意西阿爾卑斯野外地質(zhì)實習(xí)、華北克拉通形成與破壞地質(zhì)野外實習(xí)、狼牙山地震儀器操作及流動地震臺站布設(shè)野外實習(xí)、空間物理學(xué)漠河野外臺站觀測實習(xí)等）、開設(shè)專家系列講座、博士學(xué)位專業(yè)課程、加強學(xué)位論文開題、中期等必修環(huán)節(jié)考核的管理，從而提高研究生的學(xué)習(xí)質(zhì)量、科研能力和綜合素質(zhì)。
2007年來，我所研究生多次獲得國家級、院級各項獎勵，包括4人獲全國百篇優(yōu)秀博士論文獎、1人獲得全國優(yōu)秀博士論文提名獎、15人獲得中國科學(xué)院優(yōu)秀博士論文獎、2人獲得李四光優(yōu)秀博士生獎、6人獲中國科學(xué)院院長特別獎、40人獲中國科學(xué)院院長獎、18人獲朱李月華優(yōu)秀博士生獎、每年平均有14名研究生獲得博士生國家獎學(xué)金、5名研究生獲得碩士生國家獎學(xué)金。
研究所重視與高校的交流與合作，在國內(nèi)多個高校高設(shè)立 “地學(xué)攀登獎學(xué)金”，獎勵品學(xué)兼優(yōu)的學(xué)生，并與中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)和中國地質(zhì)大學(xué)（武漢）聯(lián)合辦學(xué)，先后設(shè)立“趙九章—現(xiàn)代地球和空間科學(xué)英才班”（2010年）和“地學(xué)菁英班”（2012），研究所科研人員也走進大學(xué)講授本科生和研究生專業(yè)課程，與高校共同培養(yǎng)優(yōu)秀地學(xué)人才，吸引優(yōu)秀學(xué)生來所學(xué)習(xí)和工作。