中國(guó)科學(xué)院自然科學(xué)史研究所（簡(jiǎn)稱為自然科學(xué)史所）是中國(guó)唯一的多學(xué)科和綜合性的科技史專門(mén)研究機(jī)構(gòu)，是世界上重要的中國(guó)科技史研究基地，為國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)確認(rèn)的理學(xué)“科學(xué)技術(shù)史”一級(jí)學(xué)科學(xué)位授予點(diǎn)。李儼、倉(cāng)孝和、嚴(yán)敦杰、席澤宗、陳美東、廖克、劉鈍、廖育群、張柏春先后擔(dān)任所長(zhǎng)（或負(fù)責(zé)人）。
自然科學(xué)史所定位于研究科學(xué)技術(shù)的歷史、本質(zhì)和發(fā)展規(guī)律，認(rèn)知科學(xué)技術(shù)與社會(huì)、政治、經(jīng)濟(jì)、文化等的復(fù)雜關(guān)系，研究和傳播科學(xué)思想，探索科技史研究的新方向與新方法，為建設(shè)科學(xué)思想庫(kù)、發(fā)展科技與文化事業(yè)做出獨(dú)特貢獻(xiàn)。
自然科學(xué)史所的前身中國(guó)自然科學(xué)史研究室，由中國(guó)科學(xué)院副院長(zhǎng)竺可楨創(chuàng)議成立于1957年，1975年擴(kuò)建成為研究所。目前研究所設(shè)有中國(guó)古代科技史研究室、中國(guó)近現(xiàn)代科技史研究室、西方科技史研究室三個(gè)研究室，以及中國(guó)科學(xué)院文化遺產(chǎn)科技認(rèn)知研究中心、中外科技發(fā)展比較研究中心、科技與社會(huì)研究中心、科學(xué)傳播研究中心等，編制規(guī)模為97人。主辦《自然科學(xué)史研究》、《中國(guó)科技史雜志》和《科學(xué)文化評(píng)論》三個(gè)刊物。2016年8月，科技史外文新刊正式獲批。擁有1個(gè)科技史專業(yè)圖書(shū)館。研究員中有國(guó)際科學(xué)史研究院院士或通訊院士3人。
自然科學(xué)史所學(xué)科建設(shè)與發(fā)展方向正在從中國(guó)古代科學(xué)技術(shù)史向中外近現(xiàn)代科學(xué)技術(shù)史拓展，積極借鑒哲學(xué)、社會(huì)學(xué)、人類學(xué)、心理學(xué)、考古學(xué)等人文社會(huì)科學(xué)的方法和理論，鼓勵(lì)社會(huì)史、思想史、文化史取向的科技史研究，開(kāi)展基于科學(xué)技術(shù)史的文化遺產(chǎn)認(rèn)知、科技哲學(xué)、科技與社會(huì)、科技戰(zhàn)略等交叉或應(yīng)用方向的研究。
自然科學(xué)史所自成立以來(lái)迄今共發(fā)表學(xué)術(shù)論文6000余篇，出版學(xué)術(shù)專著近500余部，獲得多項(xiàng)國(guó)家和中國(guó)科學(xué)院自然科學(xué)獎(jiǎng)、多項(xiàng)部委科技成果獎(jiǎng)以及中國(guó)圖書(shū)獎(jiǎng)。近年來(lái)突出成果包括編撰出版《中國(guó)科學(xué)技術(shù)史》（26卷）、《中國(guó)科學(xué)技術(shù)典籍通匯》（10卷50分冊(cè)）、《中國(guó)近現(xiàn)代科學(xué)技術(shù)史》與《中國(guó)近現(xiàn)代技術(shù)史簡(jiǎn)史》等，以及《夏商周斷代工程》的天文斷代研究，對(duì)世界著名實(shí)驗(yàn)室的研究，關(guān)于重要發(fā)明的起源和傳播的研究，參與制作《龍騰》大型系列片等。已經(jīng)完成的重大課題有《中國(guó)天文學(xué)史大系》、《中國(guó)物理學(xué)史大系》、《中國(guó)傳統(tǒng)工藝全集》（19卷）、《中國(guó)古代工程技術(shù)史大系》、《中國(guó)近現(xiàn)代科學(xué)技術(shù)史研究叢書(shū)》（47冊(cè)）等。“十二五”時(shí)期部署的科研項(xiàng)目正處于收獲季節(jié)，即將出版新的重要研究成果。
自然科學(xué)史所圖書(shū)館是目前國(guó)內(nèi)唯一的，具有一定規(guī)模的科學(xué)技術(shù)史專業(yè)圖書(shū)館�，F(xiàn)有藏書(shū)18萬(wàn)余冊(cè)，其中線裝古籍3800余種，近25000冊(cè)；西文、日文、俄文書(shū)50000余冊(cè)；中文期刊1200余種合訂本8000余冊(cè)；西文、日文、俄文期刊800余種，合訂本近8800冊(cè)。館內(nèi)所藏的中國(guó)古籍中，包括文淵閣《四庫(kù)全書(shū)》影印本；《續(xù)修四庫(kù)全書(shū)》；《四庫(kù)未收輯刊》；《四庫(kù)存目叢書(shū)》；《清人別集叢刊》；《明人文集叢刊》；經(jīng)、史、天、算、醫(yī)和方志等方面的善本珍本多種。館藏書(shū)專業(yè)性強(qiáng)，門(mén)類全，學(xué)科多，為國(guó)內(nèi)外專家學(xué)者所矚目。近年圖書(shū)館增加了若干種大型數(shù)字化文獻(xiàn)庫(kù)，包括晚清民國(guó)期刊全文庫(kù)，民國(guó)圖書(shū)全文庫(kù)，雕龍古籍庫(kù)，書(shū)同文古籍庫(kù)，愛(ài)如生古籍庫(kù)，中華經(jīng)典古籍庫(kù)，中華人民共和國(guó)國(guó)史庫(kù)、臺(tái)灣華藝期刊論文庫(kù)等中文數(shù)據(jù)庫(kù)，以及Elsevier，Wiley，MUSE，JSTOR，Springer，Cambridge，Oxford，American Periodicals，EEB，EEBO，ECCO，NCCO等外文數(shù)據(jù)庫(kù)。
1980年成立的中國(guó)科學(xué)技術(shù)史學(xué)會(huì)以自然科學(xué)史所為掛靠機(jī)構(gòu)，先后主辦過(guò)數(shù)百次國(guó)際和國(guó)內(nèi)的綜合或分學(xué)科科技史學(xué)術(shù)會(huì)議。2005年，自然科學(xué)史所與學(xué)會(huì)成功主辦了第22屆國(guó)際科學(xué)史大會(huì)。研究所有多人擔(dān)任過(guò)國(guó)際科學(xué)技術(shù)史學(xué)會(huì)、東亞科學(xué)技術(shù)醫(yī)學(xué)史學(xué)會(huì)等組織的領(lǐng)導(dǎo)或理事等職，對(duì)團(tuán)結(jié)國(guó)內(nèi)外科技史界力量，加強(qiáng)國(guó)際合作發(fā)揮了重要作用。英國(guó)李約瑟博士、日本藪內(nèi)清教授、諾貝爾獎(jiǎng)獲得者楊振寧教授等專家先后被研究所聘為名譽(yù)教授。
自1978年以來(lái)，自然科學(xué)史所獨(dú)立或與海外聯(lián)合培養(yǎng)研究生超過(guò)300人，接受海外進(jìn)修生和青年訪問(wèn)學(xué)者數(shù)十名。研究所是科學(xué)技術(shù)史和科學(xué)技術(shù)哲學(xué)的博士、碩士學(xué)位授予點(diǎn)。
自然科學(xué)史所同美國(guó)、英國(guó)、德國(guó)、法國(guó)、俄羅斯、荷蘭、比利時(shí)、意大利、葡萄牙、澳大利亞、日本、韓國(guó)、希臘、新加坡、中國(guó)臺(tái)灣等國(guó)家和地區(qū)的科研機(jī)構(gòu)、高校以及專家學(xué)者開(kāi)展了廣泛而深入的學(xué)術(shù)交流與合作。先后與德國(guó)馬普學(xué)會(huì)科學(xué)史所、俄國(guó)科學(xué)院科學(xué)技術(shù)史研究所、巴黎大學(xué)、柏林工大、劍橋李約瑟研究所、愛(ài)爾朗根大學(xué)、圖賓根大學(xué)、意大利研究理事會(huì)、意大利博洛尼亞大學(xué)、法國(guó)遠(yuǎn)東學(xué)院、韓國(guó)建國(guó)大學(xué)、日本東京大學(xué)、日本國(guó)寶聯(lián)盟、澳大利亞悉尼大學(xué)和聯(lián)合國(guó)教科文組織、葡萄牙科技部等國(guó)外機(jī)構(gòu)均建立了良好的合作關(guān)系，并進(jìn)行雙邊的人員互訪和圖書(shū)資料交換。
未來(lái)10年，研究所將發(fā)揮多學(xué)科的綜合優(yōu)勢(shì)，在保持中國(guó)科技史研究領(lǐng)域的國(guó)際領(lǐng)先地位的同時(shí)，積極開(kāi)拓西方科技史研究，參與國(guó)家重大科學(xué)文化工程與思想庫(kù)建設(shè)，努力建設(shè)成為國(guó)際水準(zhǔn)的科技史綜合研究機(jī)構(gòu)。